Lincoln Burrows est condamné à mort pour le meurtre du frère de la vice-présidente des États-Unis, Caroline Reynolds. Convaincu de son innocence, son frère, Michaël Scofield, se fait tatouer les plans de Fox River, la prison où est incarcéré Lincoln. Il braque ensuite une banque pour se faire lui-même incarcéré à Fox River avec son frère et s'évader avec lui. Mais là-bas il se rend compte que son plan peur échouer à tout moment à cause des gardiens et des autres détenus.
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